o;批评与自我批评”的办法，称：这对多数人没有多大用处，因为这“是和宗教仪式里的忏悔一样的，痛哭流涕一场，以后照样犯错误。”因此，他对自己的第一次检讨，也明显地没有特别当回事儿。他只是以校图书馆馆长的身份，着重检讨了这时同学们所提出的一些问题，并归因于他对自己所担任的这一工作不够负责任。比如过分依赖“三元老”(三个股主任)；对同学提出清除反动书籍的主张表示抗拒，认为这等于焚书坑儒；对“反动”的《字林西报》不愿停订，认为还有参考价值；对传统黄色书籍，完全没有想到其腐蚀作用，一任自由流通。造成这些错误的根本原因，在他看来还是因为自己缺少阶级观点，相信大学必须无所不包，兼容并蓄，以实行“通才教育”。结果“就是敌我不分，把各种反动的以及腐朽的东西，也兼收并蓄了进来”。
潘光旦第一次检讨的时间是在1952年1月13日，属于最早一批被安排检讨的教授，这时因为运动刚刚开始不久，一般群众斗争情绪还不十分高涨，很多问题也还没有发现，理论上也应该比较容易通过。但潘光旦就事论事的态度当即受到与会者的激烈批评，各小组讨论的结果，一致要求潘再做检讨，尤其要检查以前的思想政治活动情况。会上会下学生和教师反馈出来的种种情况都显示，潘光旦因为两度担任教务长，和长年主编杂志，写过大量政论文章，其历史较许多教师要复杂，不能听任其如此轻描淡写，蒙混过关。中共中央发动思想改造运动，其重要目的之一，就是从人事组织上掌握每一名教师以往的历史，通过所谓“忠诚老实交(代)清(楚)”的运动，“从思想上、政治上和组织上清除学校中的反动遗迹，使全国学校都逐步掌握在党的领导之下，并逐步取得与保持其革命的纯洁性”。任何历史复杂，可能有政治性问题的人，都势必会被列为重点审查对象。因此，当潘光旦的“历史问题”被揭发出来之后，清华大学运动领导机关节约检查委员会很快就将潘升格为重点清查对象之一了。
2月3日，根据潘光旦的要求，他被安排在全校大会上做第二次检讨。潘对这次检讨的准备显然比较认真了，其上纲上线的程度也是前所未有的。他甚至在准备检讨的过程中，还在公开发表的《为什么仇美仇不起来——一个自我检讨》文稿中，对自己一年前还在为之极力辩护的自己所从事的学科和专业的重要性，加写了一段激烈的批判的文字。上纲上线地宣称：自己所学的进化论，包括优生学在内，都不过是“一堆‘渐变’的改良主义的教条”；自己目前所从事的社会学，“更是替资产阶级撑腰的一大堆浮词臆说”。
不过，据校节约检查委员会评价说，潘这次只是“开始接触了他的思想问题，对于过去的各种思想与政治活动作了一些交代”，但群众仍旧极不满意。因为他强调过去自己一贯走的是“中间路线”，1934—1937年在清华做教务长时，对学生运动一般一概不管，而且还拒绝过国民党的干涉。1940年加入民盟之后，和中共地下党固然没有思想上的联系，但在政治上则是合作关系。在西南联大期间，虽然相信蒋政权必须打倒，但对好友闻一多那样不顾一切、牺牲自己，“总觉得过于轻易”，因此总是劝说闻一多“冷静一些，拿鸡蛋来打石头是犯不着的。”在他看来，闻一多所以会那样激烈，“一半是由于他的诗人的热情，一半是由于他的家庭与经济环境，激得他走上这一条路。”因此，当李闻案后，自己的作法就是“躲避危险，不能坚持斗争，不懂得革命”，以至于把出手相助的美国人看成急难时的朋友，完全看不出美帝国主义的阴谋诡计。这种心理，尤其是一直跟着欧美思想家，把集体主义看成是洪水猛兽，相信苏联的集体主义与德国法西斯的集体主义实为一丘之貉，还影响到自己和民盟的关系。当中共在1947年公开批判中间路线之后，民盟亦发表声明放弃中间路线，而自己却坚持中间立场，甚至参加了积极主张第三条道路的《新路》杂志组织的活动，“一度成为反动势力的不自觉的帮凶”。当然，在解放后，他相信自己在行动上已经与共产党合流了，思想上的抗拒也只剩某种“暗流”。“暗流的分量是在逐渐减少，但减少得不快，随时随地必然会冒些出来，于是形成了种种严重错误”。
潘光旦的这次检讨没有能被通过。因为学校节约检查委员会一时仍无法弄清他究竟还有怎样一些“历史问题”，也无法接受他对自己问题的种种解释。因此，不仅他对自己始终站在“中间”立场上的这种辩解引起了与会者的反感，他关于建国后迄今为止思想上仍有“暗流”涌动的说法，更是引起了紧绷着阶级斗争之弦的会议组织者的高度警觉。
按照预定的部署，通过积极分子的发言批判，会议组织者引导与会听众向潘光旦提出了100多条质疑。大多数提问者对潘的历史情况并不了解，因此所提问题多半只是围绕着潘的态度而发，认为潘仍旧是在为自己的过去进行辩解，很不老实。但和潘熟悉的那些教师们的批评就具有很强的杀伤力了。华罗庚在发言中直言潘口头上批评了自己的优生学理论，实际上并没有放弃自己原来的看法。说他私下里仍旧常常强调优生学还是有用的，至少将来阶级消灭了是有用的。丁则良也发言证明华罗庚的看法，指出：潘并不像他自己所说的那样缺少斗争性。以他对优生学问题的态度就可以看出来。说：“两个月以前，我们在一处开一个讨论会，会上谈到优生学的问题，他说：‘解放后我不搞优生学了，不过马列主义是讲衣食住行，讲production的，即物物生产，而优生学是讲男女，讲reproduction，即人种的生产的。’我不同意他这谬论，他也不同意我的看法，双方辩论很激烈。当时他的态度很不自然，有点生气。从这里，我看到他的战斗性很强，不过是为反动的优生学而战斗。”
